Историки предполагают, сто это церковь была построена в середине XIV века. Архиепископ Гавриил в статье "Остатки христианских древностей в Крыму" упоминает ее под названием "Церковь во имя Благовещения". Спустя пол века Архиепископ Гермоген это название подтверждает. Впервые она обозначена как церковь святого Стефана на плане города Кафы в 1784 году. Ученые-археологи Е.А. Айбабина и С.Г. Бочаров в статье "Греческие церкви средневековой Кафы" (2002) считают, что это древнегреческий храм святого Дмитрия. Долгое время конфессионная принадлежность этой церкви была предметом споров и разногласий - армянская это церковь или греческая. Известный крымовед-писатель Д. Марков в статье "Древнегреческая церковь в Феодисийском карантине" (1912) аргументированно, последовательно доказывает, что этот храм древнегреческий. И указывает на основные признаки принадлежности:

1. Архитектура простая, в византийском стиле. Здание церкви имеет четырехугольную форму с алтарем и абсидой в восточной стене, которая выдается почти сразу, отступив по аршину от южной и северной сторон.

2. Крыша церкви двускатная, а с приближением ее к алтарной абсиде отмечается ее сплющенность.

3. Свод церкви стрельчатый, почти полукруглый. В армянских церках свод представляют неправильные полукруги, приподнятые кверху. Размеры церкви характерны для греческих храмов, что подтверждает и И.П. Кеппен.

4. Небольшая высота амвона также свидетельствует о ее принадлежности грекам.

5. И очень важное свидетельство, это настенная роспись - фрески. Все фресковые надписи под иконами и библейскими сюжетами выполнены на греческом языке. Видно, что художник писал иконы не на основе своих домыслов, а согласно церковному преданию, по "образу и подобию ..." и по лучшим древневизантийским образцам. Лицам Иисуса Христа, Божьей Матери, пророка Аввакума и другим святым сообщаются важность, величие, строгость, спокойствие, кротость, смирение. Тела их тщательно покрываются одеждами. Так Спаситель изображается в христианском византийском искусстве и до настоящего времени - строгое выражение с крещатым нимбом, волосы гладкие, спускающиеся на плечи.

В заключение Д. Марков говорит: "Все эти характерные детали говорят, что церковь святого Стефана принадлежала грекам". (Марков 1912)

Наиболее подробное описание росписей в церкви святого Стефана, сохранившихся еще в середине XIX века оставил нам де-Винья в "Сборнике документов города Кафы" и М. Погодин (1871 г.).

В письме художника К.Ф. Богаевского к своему другу К.В. Кондаурову в 1927 году говорится: "В большой церкви на Карантине у нас открыли небольшой фрагмент фресок, судя по этим остаткам, роспись была великолепна".

Другой русский художник и искусствовед И.Э. Грабарь высказал предположение, что одна из фресок храме принадлежит кисти знаменитого византийского живописца Феофана Грека (1340-1404 годы), который в XIV веке, прежде чем попасть в Россию, жил в Кафе. В списке городов, где он работал, упоминается и Кафа. Большая часть росписи утеряна, прежде всего это относится к фрескам на северной и восточной стенах справа от апсиды. Не сохранились ранее описываемые фрески с ликом Пресвятой Богородицы и апостолов, пророков Ионы, Аввакума, царя Давида, левая часть Евхаристии.

В отношении датировки постройки церкви Д. Марков приходит к выводу, что она построена не раньше XV столетия, так как она не упоминается законодательном кодексе 1449 года. Это подтверждает и де-Винья.

Источник материала: сайт "Земля Крым" (http://www.estate-crimea.ru/pravsv/feodosya_07.html)